Actiunea din Prey incepe cu jucatorul principal urland la el insusi intr-o oglinda din baie. Tommy, un indian Cherokee, nu prea da doi bani pe traditiile si mostenirile sale si a neamului sau si nu vrea decat sa o ia pe prietena lui, Jen si sa plece din rezervatie. Dar inainte ca el sa poata sa-si faca curaj pentru a o convinge sa plece,o invazie extraterestra il absoarbe pe Tommy, pe bunicul lui si pe Jen intr-un fel de OZN. Cu ajutorul unor binefacatori necunoscuti, Tommy reuseste sa se elibereze si de aici tu pornesti in misiunea de a-i salva prietena si bunicul, dar desigur si Pamantul de-a lungul acestei misiuni.
